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(1)防潮。如果室內潮濕，光學鏡片就容易生霉、生霧。鏡天文望遠鏡片一旦生霉，很難除去。顯微鏡內部的鏡片由於不便擦拭，潮濕對其危害性更大。機顯微鏡械零件受潮後，容易生鏽。為了防潮，存放顯微鏡時，除了選擇干燥的房間外，存放地點也應離牆、離地、遠離濕源。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干放大鏡燥劑。並經望遠鏡常對硅膠進行烘烤。在其顏色變粉紅後，應及時烘烤，烘烤後再繼續使用。
(2)防塵。光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大後，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。因此，必須經常保持顯微鏡的清潔。
金相顯微鏡 (3)防腐蝕。顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學劑放一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
(4)防熱。防熱的目的主要是為了避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。
(5)請匆碰處尖銳的物品，如鐵釘、針等。
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